可可是一种驯化时间相对较短的物种。“cacao”一词衍生于玛雅人纳瓦特尔语“cacahuatl”。植物学家林奈根据土著人的神圣信仰，将可可树命名为“Theobroma cacao”，意味着“可可——众神的食物”。在印第安时期，亚马逊河上游和奥里诺科河盆地存在一个相对广泛的可可起源中心，人为活动陆续将可可沿着安第斯峡谷传入中美洲。据史料记载，中美洲是世界上最早栽培可可的地区，栽培历史超过2000多年。
时光逆流而上，可可在世界范围内的传播始于西班牙殖民主义。克里斯托弗·哥伦布为寻找通往印度的航海线路，1502年到达尼加拉瓜，是首位接触到可可的欧洲人。当时，可可豆在中美洲一些地区被作为流通货币使用。10粒可可豆可以买回一只兔子，100粒可可豆可以买到一个奴隶。1519年，狂妄的征服者西班牙探险家荷兰科尔·蒂斯在墨西哥的阿兹特克帝国发现以可可为原料制作的名为xocoatl的饮品，并于1528年带回西班牙，在西非一个小岛上种植。虽然这种“苦味的水”不受当时达官贵人们的喜欢，但是因为阿兹特克人的古老传说还是被当时的贵族们奉为饮料中的奢侈品。阿兹特克人一直坚信，可可是他们的羽蛇神为表彰一位阿兹特克公主的勇气与忠诚事迹所致赠的礼物。相传这位公主的丈夫因为拒绝向商人透露宝藏所在地被商人杀害。羽蛇神让可可树在她丈夫的血溅之处生长出来。可可树的果实富藏许多种子，其苦味有如她丈夫身受的痛楚、味浓有如其高尚的情操、色红有如他泌流的鲜血……。对于阿兹特克人而言，可可不仅是货币，也是食物。 可可饮品在欧洲的盛行，促使西班牙、法国、荷兰等殖民者在其殖民地如多米尼加共和国、特立尼达、海地等地区种植可可。
1560年，西班牙人将可可从委内瑞拉的首都加拉加斯引入印度尼西亚的苏拉威西岛，相继传入菲律宾。17世纪20年代，荷兰人接管库拉索岛种植业，并于1778年从菲律宾引种可可至印度尼西亚和马来西亚。17世纪60年代，法国人也将可可陆续带到马丁尼克岛、圣卢西亚、米尼加共和国、圭亚那和格瑞纳达等地区。至1680年，马丁尼克的加勒比海岛成为主要的可可生产地之一。17世纪70年代，英国人将该作物引入牙买加。至18世纪中叶，可可由巴西北部的帕拉河引种栽培至巴伊阿。可可制品在欧洲国家市场的需求旺盛，致使可可种植业持续扩张。19世纪初，可可被引至普林西比岛、圣图美和非南多波等非洲地区。此后，经由非南多波岛传入尼日利亚和加纳，又至象牙海岸，该地区成为世界最大的可可生产国。在喀麦隆，可可引种栽培是在1925～1939的殖民时期。
中国可可引种历史相对较短，1922年首次由印度尼西亚和爪哇地区引入台湾嘉义、高雄等地种植。20世纪50年代，中国先后从越南、泰国、马来西亚、印度尼西亚、科摩罗、厄瓜多尔、巴西等10余个国家引进可可种质。目前，主要栽培于海南、云南、台湾地区。